Viện Ứng dụng Công nghệ, thành lập ngày 16-10-1984 theo Nghị định 135/HĐBT của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) với tên ban đầu là "Viện Nghiên cứu Công nghệ Quốc gia".
Viện đã trải qua 2 giai đoạn phát triển, từ 1984 đến 1994 trực thuộc Văn phòng Hội đồng Bộ trưởng; từ 1994 đến 2004 trực thuộc Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường nay là Bộ Khoa học và Công nghệ. Viện có nhiệm vụ nghiên cứu và ứng dụng các công nghệ mới, cao (công nghệ laser, hồng ngoại, điện tử - tin học, vật liệu, sinh học và môi trường) bằng cách tiếp thu các công nghệ hiện đại, cải tiến và làm chủ các công nghệ, tiến tới sáng tạo công nghệ, tổ chức chuyển giao công nghệ nhằm đáp ứng yêu cầu của sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước và đảm bảo an ninh quốc phòng. Viện có 11 đơn vị trực thuộc gồm Văn phòng Viện, Ban Quản lý Đầu tư và Phát triển Dự án; Ban Kế hoạch – Tài chính, Chi nhánh tại thành phố Hồ Chí Minh và 07 trung tâm R&D.
Viện có một đội ngũ gần 300 cán bộ, công nhân viên, trong đó có 19 Tiến sĩ và Tiến sĩ khoa học, được đào tạo cơ bản có trình độ chuyên môn giỏi và phù hợp, đã phát huy được sức mạnh tổng hợp của mình để thực hiện các nhiệm vụ nghiên cứu - triển khai và dịch vụ khoa học công nghệ một cách có hiệu quả.
Các công trình nghiên cứu ứng dụng Laser có công suất lớn ở Việt Nam, phần mềm biên dịch tự động Anh - Việt, thiết kế mạch vi điện tử chuyên dụng, thiết bị tán sỏi thận ngoài cơ thể, máy đo ảnh nhiệt, áo giáp chống đạn, chế phẩm từ nguồn vi tảo... đã tạo ra cho Viện nét đặc thù riêng trong nghiên cứu.
Viện đã duy trì và phát triển hợp tác với các nước có quan hệ truyền thống như Nga, Trung Quốc, Đức, Hàn Quốc, Đài Loan... mở rộng mối quan hệ hợp tác với nhiều nước trên thế giới, các nước phát triển như Pháp, Mỹ, Nhật Bản, ... và các nước trong khu vực... Bước vào giai đoạn phát triển mới, trong bối cảnh hội nhập quốc tế và khu vực về khoa học và công nghệ cùng với nhiều cơ hội và thách thức, Viện cố gắng vươn tới trở thành một Viện triển khai mạnh trong các lĩnh vực công nghệ cao đáp ứng các yêu cầu của Nhà nước và xã hội với tư tưởng chỉ đạo là hiệu quả, gắn nghiên cứu với thực tiễn sản xuất và cuộc sống.